Od 1979 r. pracował w Instytucie Państwa i Prawa PAN. Później pracował w biurze prasowym Kancelarii Sejmu, biurze Trybunału Konstytucyjnego i biurze Pełnomocnika Rządu ds. Reformy Samorządu Terytorialnego. W 1991 roku był przez kilka miesięcy podsekretarzem stanu w Urzędzie Rady Ministrów.

W lipcu 1991 roku został wiceprezesem Najwyższej Izby Kontroli. Po tajemniczej śmierci prezesa NIK Waleriana Pańki w wypadku samochodowym, od października 1991 r. był przez kilka miesięcy p.o. prezesa NIK. W 1992 roku zastąpił go nowo wybrany prezes NIK, Lech Kaczyński.

Kownacki pozostał na stanowisku wiceprezesa NIK do sierpnia 1999 roku, kiedy odszedł na stanowisko wiceprezesa Banku Ochrony Środowiska. W BOŚ odpowiedzialny był za akcję kredytową.

1 września 2001 r. Kownacki wrócił do NIK na stanowisko wiceprezesa; pracował tam do października 2006 r., kiedy przeszedł do zarządu PKN Orlen. W spółce był odpowiedzialny za audyt i regulacje. Od 18 stycznia 2007 do 28 lutego 2008 roku był prezesem PKN Orlen. Zastąpił na tym stanowisku Igora Chalupca. Ówczesny premier Jarosław Kaczyński uzasadniał wtedy, że zmiana na stanowisku prezesa PKN Orlen wynika z konieczności zapewnienia bezpieczeństwa energetycznego państwa. W końcu lutego 2008 r. Kownacki został bezterminowo zawieszony przez radę nadzorczą płockiego koncernu na stanowisku prezesa.

Na początku lipca został wiceszefem Kancelarii Prezydenta w miejsce Roberta Draby, zaś 21 sierpnia przejął obowiązki szefowej kancelarii Anny Fotygi, kiedy ta podała się do dymisji. 4 września formalnie objął to stanowisko.

Jest absolwentem Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego; specjalistą w dziedzinie prawa konstytucyjnego i państwowego. Specjalizował się w zagadnieniach ustroju organów terenowych.