Działalność opozycyjna:

Początki działalności opozycyjnej Piotra Naimskiego tkwią korzeniami w harcerstwie. W latach 1967- 1976, będąc uczniem renomowanego warszawskiego liceum im. Tadeusza Reytana był instruktorem i komendantem drużyny "Czarna Jedynka", działającej przy tym liceum. Tam poznał starszego o kilka lat działającego już w opozycji Antoniego Macierewicza, z którym w 1969 r. założył Krąg Starszoharcerski "Gromada Włóczęgów", mający przygotowywać kadry do przyszłych działań niepodległościowych. W 1976 r. również z Macierewiczem znalazł się w gronie założycieli KOR-u i organizatorów pomocy dla robotników Ursusa i Radomia po ich wystąpieniach w czerwcu tego roku. Pracował też w redakcji drugoobiegowego miesięcznika "Głos".
W maju 1977 roku po zamordowaniu przez SB Stanisława Pyjasa wraz z innymi działaczami KOR-u trafił do aresztu, skąd został zwolniony w lipcu na mocy amnestii.
W 1980 r., kiedy tworzyły się struktury NSZZ "Solidarność", Naimski był jednym ze współorganizatorów Regionu Mazowsze.
Po ogłoszeniu w Polsce stanu wojennego, późniejszy szef UOP, który w tym czasie przebywał w Nowym Jorku na stypendium naukowym, zajął się współorganizowaniem Komitetu Pomocy "Solidarności".

Działalność publiczna:

Do Polski wrócił w 1989 r. Tu początkowo kierował Wydawnictwem "Głos" (1989-1992). Był też jednym z założycieli Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego. 1 lutego premier Jan Olszewski powołał Piotra Naimskiego na stanowisko szefa Urzędu Ochrony Państwa. Wspólnie z ówczesnym ministrem spraw wewnętrznych Antonim Macierewiczem na mocy uchwały sejmowej Naimski przygotował listę współpracowników Służby Bezpieczeństwa, słynną tzw. listę Macierewicza, która przyczyniła się do odwołania całego rządu 5 czerwca 1992 r.
Po upadku gabinetu Olszewskiego Naimski został członkiem Ruchu Odbudowy Polski, (ZChN opuścił, kiedy otrzymał nominację na szega UOP), a następnie Ruchu Katolicko-Narodowego. W latach 1992-1996 był prezesem Polskiego Klubu Atlantyckiego.
Od stycznia 1999 r. do października 2001 r. był doradcą premiera Jerzego Buzka ds. bezpieczeństwa narodowego. Brał udział w pracach zespołu ds. dywersyfikacji dostaw gazu ziemnego do Polski; koordynował przygotowania do podpisania porozumienia ws. dostaw gazu z Norwegii. W latach 2000-2001 zasiadał też w Radzie Nadzorczej PGNiG.
23 listopada 2005 r. został powołany na stanowisko wiceministra gospodarki w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. Został też pełnomocnikiem rządu ds. dywersyfikacji dostaw ropy naftowej i gazu.

Działalność naukowa:

W 1976 r. Piotr Naimski zaczął pracować w Instytucie Biochemii i Biofizyki PAN. W 1981 r. obronił doktorat z nauk przyrodniczych i wyjechał do Stanów Zjednoczonych na stypendium w New York University Medical School. Tam brał udział w badaniach z zakresu biologii molekularnej nowotworów.
Od 1996 jest profesorem w Wyższej Szkole Biznesu - National Louis University w Nowym Sączu, a od 2003 roku prodziekanem Wydziału Studiów Politycznych. Prowadzi wykłady na temat polskiej polityki zagranicznej, polityki bezpieczeństwa i współczesnych stosunków międzynarodowych.
Biegle włada językiem angielskim. Zna także język francuski i rosyjski.

Absolwent Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; uzyskał doktorat nauk przyrodniczych