W schyłkowym okresie rządów prokomunistycznego prezydenta Salvadora Allende wyznaczony był na stanowisko ambasadora Chile w ZSRR. Po puczu Pinocheta wyjechał za granicę. Pracował w ONZ i Międzynarodowej Organizacji Pracy. Do Chile wrócił w latach 80., przed plebiscytem decydującym, czy Pinochet ma nadal sprawować władzę i stanął na czele koalicji przeciwników generała. W 1986 r. został zatrzymany na trzy tygodnie. W 1988 r., kiedy jeszcze Pinocheta był u władzy, skrytykował go publicznie go za polityczne mordy na przeciwnikach politycznych, tortury i łamanie praw człowieka.
Pinochet przegrał referendum, rządy objęli socjaliści. W latach 90. Lagos pełnił między innymi funkcje ministra edukacji i robót publicznych. Od 2000 r. do 2006 r. był prezydentem Chile.