Uzyskał dyplom z wyróżnieniem prestiżowego uniwersytetu Yale w wieku 18 lat. Odbył służbę wojskową i w 1951 r. obronił doktorat na Harwardzie, gdzie następnie wykładał przez wiele lat. Na krótko związał się z Uniwersytetem Columbia (1958- 1962), by znów wrócić na Harward.
Interesował się przede wszystkim zagadnieniami bezpieczeństwa narodowego, strategią, rozwojem ekonomicznym państw słabo rozwiniętych. Współpracował z wieloma agencjami rządowymi, był m.in. koordynatorem planowania strategicznego przy Radzie Narodowego Bezpieczeństwa w Białym Domu (1977-78). Działał w wielu towarzystwach naukowych. Od 1989 kierował Instytutem Studiów Strategicznych Uniwersytetu Harwardzkiego. W 1970 założył i współwydawał do 1977 r. kwartalnik Foreign Policy (Polityka zagraniczna). był autorem wielu publikacji, w których poruszał problemy światowej polityki strategiczno-wojskowej i kryzysu współczesnych społeczeństw i cywilizacji (ze szczególnym uwzględnieniem pozycji Stanów Zjednoczonych).

W 1993 opublikował w "Foreign Affairs" artykuł "The Clash of Civilizations?" (Zderzenie cywilizacji), rozwinięty trzy lata później w książce "The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order", w którym przeciwstawia się tezie Francisa Fukuyamy o końcu historii, mającym nastąpić po upadku komunizmu. Jego zdaniem politykę zdominują w przyszłości starcia między cywilizacjami. Źródłami konfliktów staną się różnice kulturowe, wywodzące się z podziałów religijnych.
Najważniejsze publikacje książkowe Huntingtona to: "The Soldier and the State: The Theory and Politics of Civil-Military Relations" (1957); "The Common Defense": "Strategic Programs in National Politics" (1961); "Political Order in Changing Societies" (1968); "American Politics: The Promise of Disharmony" (1981); "The Third Wave: Democratization in the Late Twentieth Century" (1991); "Who Are We? The Challenges to America’s National Identity" (2004).