Prezes należącej formalnie w 100 proc. do państwa kompanii naftowej Rosnieft, której część majątku sam jednak kontroluje - w większości ulokował swe aktywa w spółkach-córkach Rosnieftu. W 2004 r. Rosnieft silnie wzmocnił się, przejmując przez podstawioną firmę Bajkałinvest zlicytowaną za nie zapłacone podatki najważniejszą spółkę koncernu Jukos Jugansknieftgaz, właściciela pól naftowych i producenta ropy. Bogdanczikow stał się tym samym głównym wykonawcą planu wzmocnienia kontroli Kremla nad sektorem naftowo-gazowym (wiele osób upatruje w nim jednego z czołowych inspiratorów nagonki na Michaiła Chodorkowskiego). Tym bardziej że Rosnieft posiada też 10,7 proc. akcji Gazpromu. W 2006 r. Rosnieft ma zadebiutować na giełdzie po przeprowadzeniu największej oferty publicznej w historii giełdy w Moskwie. Po rozparcelowaniu Jukosu i przejęciu jego części Rosnieft jest wprawdzie zadłużony aż na 22,65 mld USD, ale patronat Kremla chroni kompanię przed kłopotami.