W latach 1991-1995 był zastępcą prokuratora generalnego. Nadzorował najważniejsze śledztwa tamtego okresu. W 1995 r. został ministrem stanu, szefem Kancelarii Prezydenta RP Lecha Wałęsy. Rok później objął funkcję przewodniczącego Instytutu Lecha Wałęsy, a w 1998 r. - wiceprzewodniczącego Chrześcijańskiej Demokracji III RP. Był posłem AWS, po odwołaniu Lecha Kaczyńskiego w 2001 r. pełnił funkcję ministra sprawiedliwości w rządzie Jerzego Buzka. Od lutego 2002 r. do lutego 2003 r. był prokuratorem pionu śledczego Instytutu Pamięci Narodowej.