Brał udział w kampanii wrześniowej w 1939 r. W czasie okupacji był żołnierzem Armii Krajowej i walczył w powstaniu warszawskim. Uczestniczył też w tajnym życiu muzycznym. Po wojnie w 1945 r. założył pismo "Ruch Muzyczny", którego był redaktorem naczelnym do czasu jego likwidacji w 1948 r. W latach 1945-49 wykładał przedmioty teoretyczne w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie. Od 1945 do 1989 r. pisał felietony w "Tygodniku Powszechnym". Zajmował się także krytyką i publicystyką muzyczną. W latach 1957-65 był posłem na Sejm PRL katolickiego koła "Znak". Był jednym z sygnatariuszy Listu 34 w 1964 r., krytykującego cenzurę, za co w 1968 r. otrzymał zakaz publikacji na trzy lata. W latach 1973-78 wygłaszał odczyty na tematy związane z kulturą polską m.in. w Stanach Zjednoczonych, Kanadzie, Francji, Anglii, Włoszech, Skandynawii.
Jako liberalny konserwatysta był w 1987 r. współzałożycielem, obok Janusza Korwina-Mikke, Ruchu Polityki Realnej, a następnie w 1989 r. Unii Polityki Realnej.
Po rozstaniu z powodu nieporozumień z "Tygodnikiem Powszechnym" w 1989 r., publikował w tygodniku "Wprost". W 1990 r. ustanowił nagrodę swojego imienia, przyznawaną corocznie najpierw przez niego samego, a po jego śmierci przez kapitułę złożoną z jego syna Jerzego i laureatów z lat poprzednich pod patronatem tygodnika "Wprost".
Jego tragicznie zmarły syn Wacław był współtwórcą znanego duetu fortepianowego Marek i Wacek.
Stefan Kisielewski to jedna z najbarwniejszych powojennych osobistości w Polsce i niekwestionowany autorytet moralny. Jego przypadająca na okres PRL działalność publiczna obejmowała twórczość kompozytorską, literacką, publicystyczną i dziennikarską; był też działaczem społecznym i politycznym. Jego bezkompromisowa postawa naraziła go wielokrotnie na represje komunistycznych władz, łącznie z pobiciem przez tak zwanych "nieznanych sprawców". Usunięto go z Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Krakowie, zlikwidowano na pewien czas pismo "Ruch Muzyczny", wykluczono go z Sejmu, zakazano publikacji w katolickim "Tygodniku Powszechnym". Z tego powodu wydawał swoje książki pod pseudonimem w podziemnym obiegu lub za granicą. Również częściowo z tego powodu (drugim z powodów jest konserwatyzm neoklasycznej stylistyki) muzyka Kisielewskiego była niemal nieobecna na estradach filharmonicznych - w ostatnich coraz częściej doceniana i grana. Sporym powodzeniem cieszy się zwłaszcza "Koncert fortepianowy", ostatni utwór ukończony tuż przed śmiercią kompozytora.

Dyplom z teorii muzyki (1934), kompozycji (1937) i z fortepianu (1937) w Konserwatorium Warszawskim. Dwuletnie studia z zakresu polonistyki i roczne - filozofii na Uniwersytecie Warszawskim (1929-31). Studia kompozytorskie w Paryżu (1938-39)

Kompozycje:

* Kwartet smyczkowy (1935)
* Symfonia nr 1 (1939)
* Danse vive na fortepian (1939)
* Sześć preludiów I fug na fortepian (1943)
* Toccata na fortepian (1944)
* Serenada (wersja I) na fortepian (1945)
* Koncert na orkiestrę kameralną (1949)
* Rapsodia wiejska na orkiestrę kameralną (1950)
* Symfonia nr 2 (1951)
* Capriccio rustico na fortepian (1952)
* Pięć pieśni do słów k. I. Gałczyńskiego na głos i fortepian (1952)
* Siedem pieśni do słów k. I. Gałczyńskiego na głos i fortepian (1952-54)
* Mała uwertura na orkiestrę kameralną (1953)
* Intermezzo na klarnet i fortepian (1953)
* Suita na obój i fortepian (1954)
* Moto perpetuo na fortepian (1954)
* Suita na fortepian (1955)
* Perpetuum mobile na małą orkiestrę symfoniczną (1955)
* Bakczysaraj w nocy na głos i fortepian (1955)
* Capriccio energico na skrzypce i fortepian (1956)
* Symfonia na 15 wykonawców (1961)
* Suita na flet i klarnet (1961)
* System doktora smoły I profesora pierza, balet-pantomima (1962)
* Divertimento na flet i orkiestrę kameralną (1964)
* Podróż w czasie na orkiestrę smyczkową (1965)
* Sygnały sportowe, uwertura na wielką orkiestrę symfoniczną (1966)
* Wesołe miasteczko, balet (1968)
* Spotkania na pustyni dla 10 wykonawców (1969)
* Dialogi na 14 instrumentów (1970)
* Cosmos I na wielką orkiestrę symfoniczną (1970)
* Sonata na klarnet i fortepian (1972)
* Serenada [wersja ii] na fortepian (1974)
* Symfonia w kwadracie (1974-78)
* Impresja kapryśna na flet solo (1982)
* Trzy sceny burzliwe na fortepian (1983)
* Mała rapsodia na klarnet i fortepian (1984)
* Scherzo na fagot i fortepian (1988)
* Koncert fortepianowy (1980-91)

Powieści:

* Sprzysiężenie (1947)
* Zbrodnia w dzielnicy Północnej (1948)

Powieści polityczne:

* Widziane z góry (1971)
* Cienie w pieczarze (1971)
* Romans zimowy (1972)
* Śledztwo (1974)
* Ludzie z akwarium (1976)
* Przygoda w Warszawie (1977)

Szkice muzyczne:

* Gwiazdozbiór muzyczny (1958)
* Muzyka i mózg (1974) Zbiory szkiców i felietonów:
* Polityka i sztuka (1949)
* Rzeczy małe (1956)
* Opowiadania i podróże (1959)
* Z literackiego lamusa (1979)
* 100 razy głową w ścianę (Paryż 1972)
* Materii pomieszanie (Londyn 1973)
* Moje dzwony trzydziestolecia (Chicago 1978)
* Publicystyka przedwojenna (2001)

Inne publikacje:

* Na czym polega socjalizm? Stosunki Kościół-Państwo w PRL (1990, wydanie II)
* Abecadło Kisiela (1990)
* Wszystko inaczej (1991, wydanie IV)
* Testament Kisiela (1992)
* Dzienniki (1997, wydanie II)
* Wołanie na puszczy (1997)
* Felietony zdjęte przez cenzurę (1998)
* Rzeczy małe (1998)
* 100 razy głową w ściany (1997)
* Polityka i Sztuka

Nagrody:

* 1955 - II nagroda na Festiwalu Muzyki Polskiej za Koncert na orkiestrę kameralną; I nagroda na konkursie na pieśń Mickiewiczowską za Bakczysaraj w nocy na głos i fortepian,
* 1956 - Nagroda Muzyczna Miasta Krakowa,
* 1973 - Nagroda Fundacji Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku,
* 1979 - Nagroda im. Andrzeja Struga w Warszawie,
* 1982 - Nagroda Związku Kompozytorów Polskich,
* 1983 - Nagroda Fundacji Schmidheinystiftung w St. Gallen za całokształt twórczości
* 1988 - prywatna nagroda publicystyczna im. Adolfa Bocheńskiego.