W latach 1991-1997 był trenerem koszykarek Olimpii Poznań, z którymi dwukrotnie wywalczył mistrzostwo Polski, a w sezonie 1992-1993 dotarł z nimi do finału europejskiego Pucharu Ronchetti. Po odejściu z Olimpii był konsultantem w drużynie Stilonu Gorzów, następnie prowadził koszykarki Polpharmy Gdynia. W 1996 r. został trenerem reprezentacji Polski i wywalczył z tym zespołem mistrzostwo Europy w 1999 r. Potem na kolejnych mistrzostwach zajmował 4. miejsce w 2001 r. i 6. w 2003.
W sezonie 2004/2005 prowadził pierwszoligową męską drużynę Astorii Bydgoszcz. Jego podopieczni zajęli szóste miejsce w EBL.
Po roku Herkt wrócił do żeńskiej koszykówki, i od czerwca 2005 objął drużynę PZU Polfy Pabianice, a w połowie 2007 r. został trenerem koszykarek Wisły Can Pack Kraków, skąd odszedł za porozumieniem stron po tym jak jego podopieczne odpadły z rozgrywek Euroligi nie awansując do 1/4 finału. Wcześniej koszykarkom Wisły zdarzyły się też dwie poważne ligowe wpadki - z Lotosem i Energą Toruń.
W marcu 2008 r. Tomasz Herkt został asystentem Mirosława Lisztwana w słupskim klubie Energa Czarni.