Na IV roku dziennikarstwa UW został laureatem konkursu na dziennikarza telewizyjnego. W 1991 roku został sprawozdawcą parlamentarnym "Wiadomości", następnie pracował jako korespondent w USA.
Po powrocie do kraju w 1997 roku rozpoczął pracę w nowopowstałej stacji TVN, gdzie stał się współtwórcą i głównym prezenterem "Faktów". Zawieszony w obowiązkach i zwolniony z TVN po opublikowaniu przez tygodnik "Newsweek" sondażu prezydenckiego, którego Lis okazał się faworytem. Ponieważ nie chciał się odciąć od publikacji "Newsweeka", twierdząc, iż musi to wszystko przemyśleć, kierownictwo stacji postawiło mu zarzut niedotrzymywania warunków umowy i zbyt wielu publicznych wystąpień poza macierzystą firmą.
1 września 2005 roku został członkiem Zarządu i dyrektorem programowym telewizji Polsat. Zaczął współtworzyć z Hanną Smoktunowicz program "Wydarzenia", jak też swój autorski program "Co z tą Polską?". 18 września 2007 r. został odsunięty od kierowania "Wydarzeniami". Oficjalnym powodem podanym przez kierownictwo telewizji były względy budżetowe. Dwa dni później Lis sam zrezygnował z prowadzenia programu "Co z tą Polską?"
3 stycznia 2008 roku sfinalizował rozmowy z TVP 2, w której od 25 lutego prowadzi własny program publicystyczny "Tomasz Lis na żywo".
Od 1994 do 2006 roku był żonaty z dziennikarką Kingą Rusin, z którą ma dwie córki. Obecną żoną Tomasza Lisa jest Hanna Smoktunowicz.
"Nie tylko fakty", "Co z tą Polską?", "ABC dziennikarstwa", "Wielki finał. Kulisy wejścia Polski do Nato", "LISt z Ameryki", "Zawód korespondent", "Jak to się robi w Ameryce?"
Otrzymał m.in. siedem Wiktorów, w tym SuperWiktora 2006, tytuł Dziennikarza Roku 1999 i 2007, był laureatem konkursu Telekamery 2002 oraz Telekamery 2006 otrzymując nagrody za "Fakty TVN" i "Co z tą Polską?". Laureat Nagrody Kisiela 2005.