W latach 1970-1990 był działaczem PZPR, następnie SdRP, gdzie był wiceprzewodniczącym Rady Naczelnej w latach 1990-1991. Wystąpił z Socjaldemokracji RP po ujawnieniu afery "moskiewskich pieniędzy". W latach 1993-97 był posłem Klubu Parlamentarnego Unii Pracy.Był członkiem Rady Krajowej i wiceprzewodniczącym tej partii. Jest posłem IV kadencji, wicemarszałkiem Sejmu i przewodniczącym sejmowej komisji śledczej badającej sprawę Rywina. W kwietniu 2004 r. przeszedł do Socjaldemokracji Polskiej, założonej przez Marka Borowskiego i krótko był szefem jego sztabu wyborczego. W sierpniu 2005 został rzecznikiem kandydata na prezydenta Włodzimierza Cimoszewicza, za co sąd partyjny wykluczył go z SdPl. Po wyborach prezydenckich w 2005 roku poświęcił się pracy naukowej na Uniwersytecie Warszawskim. Jak na razie nie powrocił w szeregi Unii Pracy. W ostatnich wyborach parlamenarnych 2007 Tomasz Nałęcz zamierzał kandydować do Sejmu RP z listy LID-u w okręgu śląskim. Po proteście tamtejszych władz "Lewica i Demokraci" nie został umieszczony na listach wyborczych.

W 1972 r. ukończył Wydział Historii Uniwersytetu Warszawskiego. Jest profesorem nauk historycznych, wykładowcą na UW.