Pracował na Uniwersytecie Belgradzkim i w instytutach badań społecznych. Nie należał do partii komunistycznej. W 1989 r. założył Partię Demokratyczną, a trzy lata później Demokratyczną Partię Serbii. Od 1990 do 1997 r. zasiadał w parlamencie Serbii. Szczególnie ostro krytykował bombardowania NATO w Jugosławii. W 2000 r. był rywalem Slobodana Miloševicia w wyborach prezydenckich. Dopiero demonstracje i strajki spowodowały, że władze uznały zwycięstwo Koštunicy, już po pierwszej turze głosowania. Był ostatnim prezydentem Jugosławii, pełniącym funkcję od 7 października 2000 r. do 7 marca 2003 r. W marcu 2004 r. został premierem Serbii. Po wyborach parlamentarnych w 2007 r. podał się do dymisji, ponieważ wygrała Serbska Partia Radykalna.

11 maja 2007 roku, w wyniku długotrwałych rozmów, Demokratyczna Partia Serbii (DSS) Koštunicy, Partia Demokratyczna (DS) prezydenta Borisa Tadicia i partia G17 Plus (technokraci) z Mladjanem Dinkiciem, dawnym ministrem finansów, zawarły koalicje. 16 maja 2007 r. serbski parlament zatwierdził rząd Koštunicy.
8 marca 2008 roku Vojislav Koštunica podał się do dymisji a prezydent Serbii ogłosił przedterminowe wybory parlamentarne, które odbyły się 11 maja 2008 roku. 24 czerwca lider SPS (Socjalistycznej Partii Serbii) Ivica Daczić poinformował o decyzji zawarcia koalicji ze zwycięską DS (Partią Demokratyczną).

Ukończył prawo na Uniwersytecie Belgradzkim.