Po ukończeniu studiów pracował w prokuraturach powiatowych w Chrzanowie i Jaworznie oraz od 1975 w Prokuraturze Rejonowej w Brzesku. W 1984 r. przeniósł się do Prokuratury Rejonowej Kraków-Krowodrza, gdzie pracował do 1989 r. W tamtych latach Wassermann uczestniczył w krakowskim duszpasterstwie prawników. Do pierwszej "Solidarności" się nie zapisał. Jednak prowadząc w latach 80. polityczne dochodzenia przeciwko działaczom opozycji starał się zachowywać bezstronnie i uczciwie. Takie świadectwo wydaje mu jeden z działaczy opozycji, związany dziś z PO, Bartłomiej Sienkiewicz, wówczas student i działacz NZS.
W 1990 roku Wassermann został członkiem Komisji ds. Weryfikacji Pracowników Służby Bezpieczeństwa, a od 1989 do 1991 roku - zastępcą szefa Prokuratury Wojewódzkiej w Krakowie.
W 1991 r. za upolitycznienie urzędu został odwołany i zawieszony w czynnościach zawodowych; wszczęto przeciwko niemu postępowanie dyscyplinarne. Krytykował bowiem publicznie m.in. decyzje MSW w sprawie weryfikacji funkcjonariuszy SB oraz nieprawidłowości w sprawie zabójstwa Pyjasa. Twierdził też, że prokuratura nie została zweryfikowana i zdekomunizowana.
Gdy w 1992 r. ministrem sprawiedliwości został krakowianin i znajomy z duszpasterstwa prawników, Zbigniew Dyka, Wassermann wrócił do pracy w prokuraturze apelacyjnej.
W tym samym roku został członkiem krakowskich władz stowarzyszenia Polskich Prawników Katolickich, a także Rady ds. Rodziny przy Wojewodzie Małopolskim.
W listopadzie 2000 roku minister sprawiedliwości Lech Kaczyński powierzył mu funkcję szefa Prokuratury Krajowej, czemu sprzeciwił się premier Buzek (Wassermann został ostatecznie tylko pełniącym obowiązki Prokuratora Krajowego).
W 2001 roku został posłem IV kadencji Sejmu z listy Prawa i Sprawiedliwości. Był przewodniczącym Sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych, wiceprzewodniczącym Sejmowej Komisji Sprawiedliwości i Praw Człowieka oraz Sejmowej Komisji Śledczej do spraw PKN Orlen.
W 2005 roku ponownie został posłem z ramienia Prawa i Sprawiedliwości. W październiku 2005 roku premier Kazimierz Marcinkiewicz powołał go na stanowisko ministra-koordynatora służb specjalnych.

7 września 2007 r. prezydent Lech Kaczyński, na wniosek Prezesa Rady Ministrów, odwołał Zbigniewa Wassermanna z funkcji Ministra - Członka Rady Ministrów (premier ubiegł w ten sposób debatę i głosowanie nad wnioskiem PO ws. wotum nieufności wobec kilkunastu ministrów). Cztery dni później został ponownie powołany.

Stanowisko stracił 5 listopada 2007 roku po dymisji rządu Jarosława Kaczyńskiego. Była to konsekwencja przegranych przez PiS październikowych wyborów parlamentarnych.

W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz trzeci uzyskał mandat poselski.

W 1972 roku ukończył studia na Wydziale Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1988 roku ukończył Studium Podyplomowe Wymiaru Sprawiedliwości UJ.