Po ukończonych w 1952 r. studiach architektonicznych Beksiński przepracował trzy lata w budownictwie, do czego zobowiązywał go nakaz pracy, mieszkając w Krakowie i w Rzeszowie. W 1955 r. porzucił budownictwo na rzecz sztuki. Powrócił też do rodzinnego miasta, skąd przeniósł się do Warszawy w 1977 r. po decyzji władz miasta o rozbiórce jego domu. Działalność artystyczną rozpoczął od fotografii. Od 1957 do 1959 roku działał w nieformalnej grupie fotograficznej: Beksiński, Lewczyński, Schlabs. Później zajął się malarstwem. W 1959 roku brał udział w prestiżowej III Wystawie Sztuki Nowoczesnej w "Zachęcie" w Warszawie. W drugiej połowie lat 60. poszerzył swoje działania o grafikę i rysunek nasycony erotycznymi obsesjami, przenikającymi się z symbolami śmierci.
Od końca lat 90. artysta tworzył także grafiki cyfrowe - kolorowe i czarno-białe, których tworzywem były m.in. jego zdjęcia. Pierwszym poważnym sukcesem artystycznym Beksińskiego była wystawa zorganizowana w Warszawie w roku 1964 roku przez znanego krytyka Janusza Boguckiego. W latach 70. i 80. Beksiński stał się popularny zarówno w kraju, jak i za granicą. Jego obrazy pokazywane były w prestiżowych galeriach na całym świecie, m.in. we Włoszech, Niemczech, Francji, Belgii i wielu innych krajach. Jako jedyny Europejczyk ma on stałą ekspozycję w muzeum sztuki w japońskiej Osace. W Polsce prace Beksińskiego znajdują się w zbiorach m.in. Muzeum Narodowego we Wrocławiu i w Warszawie. Największy zbiór dzieł artysty posiada jednak Muzeum Historyczne w Sanoku (ok. 230 obrazów, reliefów, rzeźb, rysunków i grafiki, powstałych w latach 1954-2002), któremu Beksiński zapisał w testamencie cały swój dorobek artystyczny .
Artysta zginął zamordowany w swoim mieszkaniu na warszawskim Mokotowie w nocy z 21 na 22 lutego 2005 r. W 1999 roku samobójstwo popełnił jego syn, znany tłumacz i dziennikarz muzyczny - Tomasz.

Ukończył Wydział Architektury Politechniki Krakowskiej