Syn oficera armii jugosłowiańskiej. Działalność opozycyjną rozpoczął jeszcze jako student; wydział filozofii, na którym podjął studia, uważany był za ośrodek opozycji wobec rządów Josipa Broz-Tito. W 1974 r. za próbę utworzenia niezależnej organizacji studenckiej DjindJić został skazany na rok więzienia. Po wyjściu wyjechał do Niemiec na studia doktoranckie i w 1979 r. obronił pracę doktorską u znanego filozofa Juergena Habermasa. Do kraju wrócił w 1989 r. po upadku Muru Berlińskiego. W tym samym roku zaczął wykładać na Uniwersytecie w Nowym Sadzie i wraz z innym opozycjonistą Vojislavem Kosztunicą założył Partię Demokratyczną. W 1990 r. został wybrany do serbskiego parlamentu, a w 1993 r. stanął na czele swojej partii. W tym czasie rządy w Serbii obejmował jego późniejszy polityczny śmiertelny wróg, Slobodan Miloszewić. Zoran Dzindzić był współtwórcą koalicji Zajedno (Razem), dzięki której w 1997 r. został wybrany pierwszym niekomunistycznym burmistrzem Belgradu na fali protestów i demonstracji przeciwko rządom Miloszewicia.
W 1999 r. w czasie NATO-wskich nalotów na Jugosławię wyjechał na kilka miesięcy z Serbii, obawiając się o swoje życie. Otrzymał bowiem sygnał, że po głośnym morderstwie opozycyjnego wydawcy i dziennikarza Slavko Ćuruviji, to on jest następny na liście przeznaczonych do usunięcia wrogów Miloszevicia. Po powrocie, kiedy kolejna fala protestów przeciwko rządom serbskiego dyktatora doprowadziła w październiku 2000 r. do jego obalenia, stworzona przez Djindjicia Demokratyczna Opozycja Serbii (koalicja 18 partii) wygrała wybory, a sam Dzindzić został pierwszym od 50 lat niekomunistycznym premierem Serbii. Rok później w wyborach prezydenckich przy jego poparciu prezydentem Serbii został partyjny kolega Djindjicia, Vojislav Kosztunica, który później stał się jego politycznym oponentem.
W czasie swoich rządów Dzindzić wsławił się m.in. wydaniem Trybunałowi w Hadze Slobodana Miloszevicia. Naraził się też potężnym po wojnie organizacjom przestępczym, handlującym bronią i narkotykami, których konsekwentnie zwalczał.
12 marca został postrzelony z karabinu snajperskiego i zmarł w belgradzkiej klinice. Był to już drugi zamach na jego życie.

Absolwent filozofii na Uniwersytecie Belgradzkim, uzyskał doktorat na uniwersytecie w Konstancy w Niemczech