Po zdaniu matury w Liceum Ogólnokształcącym im. M. Wadowity w roku 1975 rozpoczął studia w Metropolitalnym Wyższym Seminarium Duchownym w Kra­kowie. Święcenia kapłańskie otrzymał 17 maja 1981 r. w katedrze na Wawelu z rąk kard. Franciszka Macharskiego. W kwietniu 1998 r. uzyskał tytuł doktora teologii na Wydziale Teologicznym Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie.

W latach 1998-2004 pełnił funkcję kierownika Studium Formacji Stałej dla kapłanów archidiecezji krakowskiej. Od czerwca 1999 r. do 11 września 2001 r. był dyrektorem Wydawnictwa św. Stanisława BM Archidiecezji Krakowskiej. 12 września 2001 r. został mianowany przez kard. Franciszka Macharskiego rektorem Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej.

14 sierpnia 2004 r. papież Jan Paweł II mianował ks. Józefa Guzdka biskupem pomocniczym metropolity krakowskiego i przydzielił mu stolicę tytularną Treba. W latach 2004-2010 bp Józef Guzdek był wikariuszem generalnym archidiecezji krakowskiej. W roku 2006 przewodniczył krakowskiemu zespołowi przygotowującemu pielgrzymkę papieża Benedykta XVI do Polski. W strukturze Konferencji Episkopatu Polski pełni obowiązki wiceprzewodniczącego Rady ds. Apostolstwa Świeckich, delegata ds. Ruchu "Wiara i Światło" oraz Stowarzyszenia "Arka".

4 grudnia 2010 roku został otrzymał nominację na biskupa polowego Wojska Polskiego od papieża Benedykta XVI. Na stanowisku tym bp Guzdek zastąpił tragicznie zmarłego w katastrofie smoleńskiej bp. Tadeusza Płoskiego.